聖痕の移植によって、超人的な力を得た少女達「パンドラ」。
しかし移植者と聖痕との適合率を必要とするこの計画は、
選ばれた女性のみしかパンドラになれず、
その数もノヴァとの戦いによって減少するばかりであった…。

この事態に、アオイ＝源吾は新たな超人兵士計画を始動。
聖痕との適合率がなくとも超人的な力を得ることができる
「ヴァルキリー」が誕生するのであった。