人類の敵ノヴァと戦う人材を教育する機関
ゼネティックスに所属するカズヤとサテライザー、
2人は力を合わせ幾多の厳しい戦いを切り抜けて行くのであった。
アオイ＝源吾の主導により誕生したヴァルキリーと呼ばれる少女達。
彼女達もまた、パンドラと同じくノヴァと戦うためゼネティックスに編入。
パンドラとヴァルキリーで混成される初の合同演習が開始されるも、
突如演習用ダミーノヴァが暴走。パンドラにも異変が…。