カズヤは人類の敵ノヴァと戦うため
ゼネティックスへと編入し、
そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。
幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。
ノヴァとの戦いが激化する中、
人類によって指導されたEパンドラ計画だったが、
Eパンドラの反乱によって計画は破綻。
さらにノヴァの襲来によって
アラスカ基地は崩壊の危機を迎えていた。
激しい戦いに身を投じるサテライザー達の運命は・・・

Eパンドラ編ついに完結!!