カズヤは人類の敵ノヴァと戦うためゼネティックスへと編入し、
そこで今は亡き姉と似た少女サテライザーと出会う。

幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。

ノヴァとの激化をたどる中、
人類は人工的にパンドラを生み出すＥパンドラ計画を発動。

Ｅパンドラ研究所は成果を焦るかのように、
安定剤という名の促進剤「マークIV」を被験体に投与。
しかし実験は失敗。
投与されたＥパンドラが暴走してしまうのであった…。