カズヤは人類の敵「異次元体・ノヴァ」と戦うため
ゼネティックスへと編入し、
そこで今は亡き姉と似た面影を持つ少女サテライザーと出会う。
幾多の闘いを越えて徐々に近づいていく二人。
３年生の謀略によって繰り広げられた激闘も、
サテライザーの勝利によって幕を下ろそうとしていた。

学園に訪れる一時の平和。
しかしその静謐は新たなる敵の襲撃によって終わりを告げる。
今まさに、少女たちの命を懸けた死闘が始まろうとしていた。
白熱必至の学園ＳＦアクション、新章突入！